gromacs教程-10-了解采样

怎么理解速度方程？

速度方程：我们前面已经给了力，速度，那么怎么运动，怎么求解，就会涉及到运动方程，通常我们也会设定好常用的运动方程给到大家，所以这个词也是只需要大家了解

当需要非常精确的积分方法并采用温度和/或压力耦合时, 使用速度Verlet积分方法可能更好

(资料图片仅供参考)

怎么理解初始速度？

初始速度：分子需要运动一个是给力，一个是给速度，初始速度是为了更好的让体系能更加符合真实的情况，所以通常需要设定相关速度，在我们的软件里会帮大家选择通常使用的玻尔兹曼分布，这个大家需要深入学习可以去了解，目前就只是告诉大家有这么个东西。

怎么理解步长？

步长：步长指的是原子运动多长时间，我们得到相应的结果进行反馈给电脑再次进行计算，因为原子移动很快，所以不能步长不能设定的太长，用来保障计算的的精度

设定的步长太长了，就没办法判断正确的移动轨迹

步长短了，就会加大计算工作量

为啥模拟模拟时间比眨眼还短？

时长为啥只有ns级别：因为你模拟的系综都是微观态，而这种微观态的反应是通过时间来平均得到的，平均下来就是一点点了。因此你也会发现尺度越小，分析的物质速度越快，比如电子运动速度是明显快于分子的，显微镜下看的物质运动速度会更慢。这个东西怎么理解，就是你的实验小试几个小时，中试是几天，产业投放需要十几天，因为分子多了，体系大了，速度也慢了

怎么理解帧数与轨迹？

帧数与轨迹：我们所以的分子动力学分析是基于分子运动轨迹来的，轨迹的展现就是帧数的数量，每个帧数会对应相应的时长，通常做分子动力学模拟时，一定要先预估好计算的时长，然后设定输出的帧数，这样能保障后续统计分析中不会出现帧数问题导致的分析失败的结果。帧数少，则统计分析会出现失真，帧数多则会影响计算速度，同时太占存储空间

就像动画是一样的，每次一帧，连在一起就可以看出动画效果，我们也可以看出分子运动的轨迹效果

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